目前我國中小企業阿米巴經營模式普遍存在的問題：

1.運營模式的片面化。在國內中小企業的管理中，大多數企業只是復制阿米巴模式的表面，而不是其核心。內部交易價格和成本分擔，大家很難達成一致；阿米巴績效考核并不與員工掛鉤，通常只是是對表現好的阿米巴單位進行表揚和激勵。運營模式的片面性很容易導致內部交易價格的失衡，從而導致阿米巴之間為了個人利益無休止的爭論。

(1)企業文化宣導

   商業模式導入前的哲學思想共識，不斷消除企業人員缺乏阿米巴經營管理意識的問題，增強其思想意識。阿米巴主要以思想管理和經營為主，所以更需要增強員工的思想意識，發現問題，解決問題。在導入經營模式之前，要加強管理，做好哲學思想意識學習，了解阿米巴經營模式的本質，從而達到全員參與的目的。通過哲學指導，形成企業特有的文化。在這樣的環境下，阿米巴的商業模式更容易被接受和執行。管理層明白哲學是基礎，貫徹經營管理哲學，讓員工實現“哲學共享”是目標。員工為企業工作是物質和精神上的滿足。把抽象的哲學概念運用到實際工作中，讓思想在吃飽肚子的前提下更有必要影響行為。