“阿米巴”經營模式的實施，使得很多企業原來的班組轉變為阿米巴經營體，班組長轉變為了阿米巴經營體的負責人。然而阿米巴經模式的管理與班組管理之間存在著很多重要的區別，需要認識清楚：

1.管理方式不同。班組管理是以完成生產任務和產品質量為主要工作，沒有內部市場概念，產品的轉移和交換不實行內部結算，也沒有利潤概念，績效考核以傳統的經責制為依據；

而阿米巴經營體是以經營成果為結算依據，建立了內部市場，產品的轉移和交換實行內部交易價格結算，有利潤概念，績效考核以經營利潤為主要依據。

2.管理動力不同。班組管理是一種被動性管理，上級下達計劃指令，班組在班組長的帶領下努力貫徹執行的管理模式；而阿米巴經營模式是一種激發員工主動性，通過自我管理完成內部客戶訂單的管理模式。

3.管理內容不同。在管理上,阿米巴經營體的管理內容比班組管理更豐富：班組長一般只需要關心產量、質量、現場管理等生產情況；而阿米巴經營體負責人還要關心經營成果，要關心所使用資源的價格，要關心價格的合理性，還要關心資源的合理使用等經營狀況。

在結算管理上,阿米巴經營體是經營核算的基本單位，在組織職能上,阿米巴經營體是經營運作的最小主體；在薪酬分配上,阿米巴經營體的經營成果是經營結算的依據；阿米巴經營體的負責人既是管理者，更是經營者。